CODESYS ofrece varias opciones para probar su aplicación y detectar errores. Puede iniciar su aplicación en modo de simulación, incluso sin conectar ningún hardware. Mediante los puntos de interrupción y los comandos de paso a paso, puede examinar partes específicas de un programa. Al escribir valores en las variables, puede influir en el programa en ejecución.

Existen comandos que reinician la aplicación en distintos grados. Esto va desde restablecer sólo las variables no persistentes hasta restablecer completamente el controlador a la configuración de fábrica.